La creación del Departamento de Presupuesto de la Dirección General Financiera fue creado de conformidad al Acuerdo de Rectoría No. 552-81 de fecha 16 de julio de 1981 siendo su función principal la de la Planificación de la elaboración de las normas, políticas presupuestales de los presupuestos generales de Ingresos y Egresos de la Universidad, el desarrollo y la aplicación de los mismos, y las actividades correspondientes para mantener en tiempo la realización de la ejecución presupuestal.
